洪荒时代是灵兽传承中最早的时期，始于约 13000 年前，结束于 4000 年前，是更新世末次冰期向全新世过渡的阶段。此时全球气候剧烈变化，生存条件恶劣，许多灵兽被迫依附人类部落，从而开启了灵兽与人类共生的历史。同时，人类也在此期间完成了从旧石器时代到新石器时代的转变。
前洪荒时代
在进入洪荒时代之前的更新世末期，地球气候持续暖化。随着生存条件的改善，许多物种向高纬度扩散，并演化出新的物种，如东方青龙等。
在这一时期，灵兽与人类大多处于敌对状态。为了从人类的狩猎中保护自己的种群，灵兽们常运用灵力变成体型更大，战斗力更强的形态与人类对抗，被视作“神兽”为人类所敬畏，留下了许多关于远古怪兽的传说。
新仙女木寒冷期
距今约 1.29 万年时，地球突然进入了持续 1000 多年的气候快速变冷期，称为新仙女木寒冷期，是洪荒时代的开端。一些无法在适应气候变冷的物种因此灭绝，包括前述的东方青龙等。
在此期间，人类为了求生积极改良石器技术，并开始尝试农耕。同时，灵兽中也出现了与人类共存的例子。他们或扮演“山神”、“河神”等角色与人类进行利益交易，或化身为人类形态融入部落生活。灵龙阿凤便是这一时期的一位东方青龙灵兽。
古三海平原
由于末次冰期时大量地表水以冰盖、冰川的形式被禁锢在内陆，新仙女木寒冷期时的海平面比现代低 100 多米，渤海、黄海、东海当时位于海平面之上，形成一片巨大的平原——古三海平原。此时期的古三海平原气候寒冷干燥，生存条件非常艰苦。
女娲部落
女娲部落是在古三海平原黄河流域生活的旧石器时代人类部落，也是灵龙阿凤加入的部落。该部落技术在当时相对先进，能制作优质石器和陶器，从事原始纺织，并尝试驯化农作物。
女娲部落发展出了一套名为“龙星”的天文历法。然而这套历法形成于几千年前，与新仙女木寒冷期的星象存在重大偏差，加之气候变化的影响，已无法有效地指导生产生活，部落的生存也因此面临挑战。
传承
人类在洪荒时代尚未发展出文字，难以留下详细记录。而灵兽遗物中的残存灵力有时可以提取出他们的记忆片段，后世的灵兽将这些记忆转录为文字，逐渐形成了关于洪荒时代的传承。
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